ポケモン研究所で、ナナカマド博士から、最初に選んだポケモンと、シンオウ地方のポケモン図鑑をもらう
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博士のお手伝いの、コウキorヒカリに、マサゴタウンに施設について教わる


ナナカマド博士に、見つけた数150匹のポケモン図鑑を見せると、オーキド博士がやってきて、ポケモン図鑑を「ぜんこくバージョン」にパワーアップしてくれる。
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シンオウ地方の図鑑を完成したお礼に、ナナカマド博士から「ポケトレ」をもらう。
ポケトレとは？
使うと、草むらに隠れているポケモンの姿が一目で分かるというもの。